Tự chủ trong hoạt động xuất bản là một phạm trù khá rộng và nhạy cảm, liên quan nhiều nội dung từ tính chất, mục đích, các quy định pháp lý, mô hình, loại hình tổ chức đến thị trường xuất bản phẩm... Tuy nhiên, bàn về tự chủ trong hoạt động xuất bản ở nước ta hiện nay, nhiều người chủ yếu đề cập đến tự chủ về tài chính, còn các vấn đề khác như tự chủ về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và nhân sự, cần tuân thủ những quy định chặt chẽ, xin ý kiến chấp thuận của cơ quan chủ quản, của cơ quan quản lý nhà nước và cơ quan chỉ đạo của Ðảng về xuất bản, báo chí… lại ít được đề cập. Nói cách khác, so với các cơ sở y tế, văn hóa, xã hội, hay nghiên cứu khoa học,... thì quyền tự chủ của các nhà xuất bản khiêm tốn hơn khá nhiều. Vì thế, nhiều năm qua, những khó khăn, vướng mắc, sai sót trong hoạt động xuất bản vẫn tồn tại và các sự kiện liên quan vấn đề này thường nhanh chóng trở thành chủ đề được nhắc đi nhắc lại nhiều lần trên báo chí.
Qua hơn 60 năm từ khi thành lập ngành đến nay (1952 - 2019), tính chất, mục đích của hoạt động xuất bản (bao gồm: xuất bản, in, phát hành) được xác định khá rõ ràng và nhất quán trong các văn kiện của Ðảng và hệ thống pháp luật của Nhà nước. Ðiều 3, Sắc luật 003/SLT Quy định chế độ xuất bản được Chủ tịch Hồ Chí Minh ký ban hành ngày 18-6-1957 xác định: “Hoạt động xuất bản bất kỳ là của một cơ quan nhà nước, chính đảng, đoàn thể nhân dân hay là của tư nhân đều không phải là một hoạt động có tính chất đơn thuần kinh doanh mà là một hoạt động văn hóa có ảnh hưởng nhiều đến việc giáo dục tư tưởng cho nhân dân, cho nên hoạt động xuất bản phải nhằm phục vụ quyền lợi của Tổ quốc, của nhân dân, xây dựng và bảo vệ chế độ dân chủ nhân dân”. Chỉ thị 42-CT/TW ngày 25-8-2004 của Ban Bí thư Trung ương Ðảng về nâng cao chất lượng toàn diện của hoạt động xuất bản đã xác định định hướng phát triển rất cụ thể: “Hoạt động xuất bản phải coi trọng việc phục vụ nhiệm vụ chính trị, tư tưởng, đáp ứng nhu cầu đọc của nhân dân, đồng thời phải thực hiện tốt nhiệm vụ kinh doanh, xây dựng ngành xuất bản thành một ngành kinh tế - công nghệ phát triển toàn diện, vững chắc”. Qua đó có thể thấy hoạt động xuất bản có nhiệm vụ kép: một mặt là phục vụ nhiệm vụ chính trị, tư tưởng, văn hóa, mặt khác phải kinh doanh có hiệu quả.
Suốt quá trình phát triển, các nhà xuất bản (NXB) trải qua nhiều thời kỳ với một số mô hình tổ chức, loại hình hoạt động và cơ chế khác nhau. Trước những năm 80 của thế kỷ 20, xuất bản nước ta hoạt động trong cơ chế bao cấp, các NXB chỉ lo tổ chức bản thảo, cơ quan chức năng của Nhà nước cấp kinh phí, bố trí nơi in và sản phẩm có ngành phát hành tiêu thụ. Có thể nói, đây là thời kỳ hầu hết các NXB hoạt động theo quy định về loại hình tổ chức đơn vị sự nghiệp. Cũng trong những năm tháng gian nan nhất của hai cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ, nhiều NXB đã để lại cho đời sau những tác phẩm văn học đặc sắc như Từ ấy và Việt Bắc, Xung kích, Bài ca chim Chơ Rao, Dấu chân người lính, Hòn đất, Người mẹ cầm súng, Ðất rừng phương Nam... Vì vậy, có thể nói yếu tố tài chính dù quan trọng, thì vẫn không phải là yếu tố duy nhất quyết định tới chất lượng nội dung của xuất bản phẩm.
Sau Ðại hội VI của Ðảng và nhất là sau khi Quốc hội thông qua Luật Xuất bản năm 1993, trong hai lĩnh vực in và phát hành đã xuất hiện yếu tố dân doanh được pháp luật cho phép. Và câu chuyện về tự chủ được thực hiện trước hết ở hai khâu in và phát hành. Ðến nay, tuy chưa phải là phân ngành có tốc độ phát triển cao so với ngành khác, song lĩnh vực này đã bước đầu thích nghi với cơ chế thị trường và Nhà nước hầu như không còn hỗ trợ về tài chính. Riêng đối với lĩnh vực xuất bản, nhiều loại hình tổ chức được áp dụng cho NXB thuộc các cơ quan chủ quản khác nhau, nhưng cơ chế vẫn mang nặng tính bao cấp.
Một vấn đề không thể không đề cập là loại hình tổ chức đối với các NXB. Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25-10-2017 của Ban Chấp hành Trung ương Ðảng khóa XII Về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập xác định nhiệm vụ, giải pháp đối với lĩnh vực xuất bản đó là: “Chuyển hầu hết các nhà xuất bản sang đơn vị sự nghiệp có thu; trường hợp thật sự cần thiết, đủ điều kiện theo quy định của pháp luật thì cho phép chuyển sang công ty trách nhiệm hữu hạn nhà nước một thành viên 100% vốn nhà nước”. Theo quy định hiện hành, các đơn vị sự nghiệp công lập có ba cơ chế tài chính: Nhà nước bảo đảm 100% kinh phí, Nhà nước đảm bảo một phần kinh phí và tự bảo đảm kinh phí chi thường xuyên. Việc áp dụng cơ chế nào đối với từng NXB chưa có văn bản quy định thống nhất, mà do cơ quan chủ quản thỏa thuận với cơ quan quản lý tài chính có thẩm quyền. Hiện, cả nước có 59 NXB, trong đó 49 NXB trung ương, 10 NXB địa phương. Về loại hình tổ chức, có 43 NXB hoạt động theo loại hình đơn vị sự nghiệp công lập, 16 NXB hoạt động theo loại hình Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên 100% vốn nhà nước (CTTNHH MTV).
Theo quy định của Luật Xuất bản hiện hành, các NXB hoạt động theo tôn chỉ, mục đích và chức năng nhiệm vụ quy định trong giấy phép thành lập, phù hợp chức năng nhiệm vụ của cơ quan chủ quản. Và cũng chính do quy định này mà nhiều NXB có tôn chỉ mục đích phục vụ một dịch vụ công như tuyên truyền đối ngoại (NXB Thế giới, NXB Thông tấn), hoặc phục vụ đồng bào dân tộc ít người (NXB Văn hóa dân tộc, NXB Hồng Bàng - đã giải thể) gặp rất nhiều khó khăn.
Đã có nhiều đề án nghiên cứu và thử nghiệm, từ đó nhiều ý kiến cho rằng cần có mô hình tổ chức thống nhất trên cả nước như: NXB tổng hợp/NXB chuyên ngành, hoặc NXB trung ương/NXB địa phương. Từ mô hình đó sẽ sắp xếp các NXB vào cùng một loại hình tổ chức thống nhất, phù hợp. Cũng có ý kiến cho rằng nên căn cứ vào kết quả hoạt động các năm gần đây để áp dụng loại hình tổ chức doanh nghiệp hay sự nghiệp đối với từng NXB. Tuy nhiên, có ý kiến cho rằng những quy định về cơ chế, chính sách của hệ thống luật pháp đối với các mô hình, loại hình tổ chức mới có ý nghĩa quan trọng và quyết định. Mặt khác, các yếu tố tự thân của NXB mới tạo ra bản sắc và quyết định sự thành công trong quá trình hoạt động. Nhiều năm qua, bốn NXB hoạt động có hiệu quả kinh tế cao, đạt lợi nhuận từ 10 tỷ đồng đến hơn 100 tỷ đồng/năm, đó là NXB Trẻ (CTTNHH MTV 100% vốn nhà nước), NXB Chính trị quốc gia Sự thật (đơn vị sự nghiệp công lập), NXB Kim Ðồng (đơn vị sự nghiệp công lập), NXB Giáo dục (CTTNHH MTV 100% vốn nhà nước). Ðây là các NXB có truyền thống, có thương hiệu, người mua ổn định theo những cơ chế khác nhau, và có tỷ lệ sách liên kết thấp nhất, chưa đến 10% so với con số hơn 50% của toàn ngành.
Nếu nhìn từ mô hình tổ chức, trong bốn đơn vị kinh doanh có lãi cao, duy nhất NXB Trẻ là NXB địa phương, nhưng trên thực tế đã chiếm lĩnh thị trường cả nước, được bạn đọc ở nước ngoài yêu mến. Thực tế nêu trên cho thấy việc xây dựng được thị trường ổn định, rộng lớn là yếu tố có tính chi phối đối với thành công của một NXB. Từ đó có thể phân tích ngược lại các yếu tố đầu vào khác như năng lực cạnh tranh, khả năng về vốn, xây dựng đội ngũ cộng tác viên, công tác truyền thông, tranh thủ sự hỗ trợ từ cơ quan chủ quản,... của NXB cũng là những yếu tố dẫn xuất quan trọng.